1. Lãnh đạo ban:
- Một Trưởng ban.
- Một Phó ban.
2. Các phòng nghiệp vụ và 08 bến xe trực thuộc:
2.1. Các phòng nghiệp vụ:
- Phòng Kế hoạch – Tài vụ. SĐT: 02013 855 335
- Phòng Tổ chức – Hành chính. SĐT: 02103 841 484
2.2. Các bến xe trực thuộc:
- Bến xe khách Việt Trì. SĐT: 02103 846 477
- Bến xe khách Phú Thọ. SĐT: 02103 820 265
- Bến xe khách Thanh Sơn. SĐT: 02103 873 720
- Bến xe khách Yên Lập. SĐT: 02103 870 170
- Bến xe khách Ấm Thượng. SĐT: 02103 883 053
- Bến xe khách Thanh Ba. SĐT: 02103 661 108
- Bến xe khách Hiền Lương. SĐT: 02103 683 449
- Bến xe khách Đề Ngữ. SĐT: 02103 600 551